防治链孢霉，首先应尽量避免在高温季节生产。在香菇发菌阶段温度最好控制在20℃以下，这样链孢霉生长缓慢，可减少污染。香菇发菌场所潮湿有助于链孢霉的发生，所以控制发菌场所的湿度就可以有效地防止链孢霉发生。链孢霉的药物防治可参照木霉的防治。菌袋生产时，如果发现链孢霉，要在分生孢子团上滴上柴油，可防止链孢霉的扩散。菌袋发菌后期受害，一般不要轻意报废，可将受害菌袋埋入深30－40厘米透气差的土壤中，经10－20天缺氧处理后，可有效减轻病害，菌袋仍可出菇。
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